与深圳先进院刘陈立,聊聊合成生物学的技术突破

??经纬科创汇合成生物学专场又与大家见面了,我们和DeepTech战略合作,邀请到了学界与业界的资深专家,以及行业投资人与创业者来进行交流。

本篇是我们合成生物学系列的第5篇文章,访谈对象是中科院深圳先进技术研究院副院长刘陈立,他不仅在学术上有很高造诣,也对产业界有深厚研究,是在深圳推动合成生物学的第一人。深圳于2018年启动筹建合成生物研究重大科技基础设施,项目设备总投资近10亿元,是合成生物领域全球首个大科学装置,为该领域在学术研究和转化应用上提供了工程化平台。

我们与刘陈立博士探讨了合成生物学在技术和产业发展层面,有哪些新进展?哪些是产业链的薄弱环节有待突破?深圳合成生物重大科技基础设施将产生什么影响?……如果你想更系统地了解合成生物学,请参考我们的往期文章:《用细菌生产一切,合成生物学的衰落与崛起》、《前沿技术探索:如何投资合成生物学》…… 以下,Enjoy:

合成生物学在产业发展层面的里程碑事件?最近有哪些重要的技术突破?合成生物学的当下与未来

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合成生物学在产业发展层面的里程碑事件?

经纬:您觉得最近3-5年,中国合成生物学领域最大的变化是什么?有没有什么里程碑事件是让您记忆犹新的?

刘陈立:从大环境来说,合成生物学从最开始大家不知道是什么,到逐渐出(学术)圈,大众也开始了解合成生物学并成为热点,是近五年的变化轨迹,整个领域的势能是往上走的。

这个学科很年轻,美国有二十多年历史,中国十多年,科技部从国家层面推动是从2009年的973计划开始。所以无论国内外,合成生物学都是新的领域,以年轻人为主。最近几年,有许多从国外实验室回来的华人科学家,也有很多国内的科学家自己开实验室,建独立的课题组,人才基数在迅速提高。

中国的政府政策从2009年开始非常重视,把合成生物与人工智能一起摆在了重要位置。在大国竞争中,目前合成生物学还没有分出差距,属于大家都齐头并进的状态,这也是很重要的机会,中国在很多科技领域都是跟随者,但在这个领域有机会去做引领者。

另外一个产业政策上的变化是,原来给合成生物学的定位更偏基础研究,但近五年来更加往产业发展的方向转移,也就是聚焦点从上游往下游转移,这是健康的表现。

在产业端,许多企业都开始把自己称为“合成生物学企业”,但之前不这么叫,不少人觉得这是追风口的表现。但我还是从积极和正面的角度去看,说明大家都愿意往这个方向发展,要更加包容和开放,而不是去刻意划分,这个是不是做合成生物学的,而是从合成生物学理念出发广义定义即可,它本身也是一个交叉的学科。

经纬:合成生物学也发展了一段时间,以前Amyris和Zymergen有很多尝试,当然也有不少失败案例。近年来合成生物学也有一些迭代,比如高通量、自动化的技术,或是计算酶学、DNA元件库等等,这些新进展有没有可能帮助合成生物学去突破原来的一些瓶颈?

刘陈立:非常重要的一点是,这个领域还需要时间。虽然之前发展很快,但快也有快的问题,需要慢下来,不能是很着急的预期。目前合成生物学的相关技术,实际上还在发展中,我觉得还没有到“爆”的时候。

另外很重要的一点是,要让更多实验室和企业,能够搭上前进的列车,这个列车指的是平台能力。Amyris、Ginkgo、Zymergen这三家,很有价值的一点是平台能力。中国要系统发展合成生物学的话,建设全面平台这一点并不能绕过去,但这也需要时间。

我们在深圳做的合成生物学重大基础设施平台,就是想把这个时间周期缩短,让大部分实验室和企业不用走重复的道路,我们会强调技术和平台的可及性。我们要去借鉴别人走过的路,而不是完全沿着原来的路再走一遍。

在合成生物学整个链条上的各个环节,大家要产生共识,互相配合,把分工做好,这也是类比生物医药领域的生态,比如产业链上有CRO、CMO、CDMO,分工非常清晰明确,大家共同促成最终药品的问世。合成生物学未来也应该朝这个方向去发展,有做服务的,有做定制的,还有做软件开发的等等。以及一些行业标准,这些都会相继出现,每个环节都会有领先的公司出现,这是中国合成生物学领域下一阶段的发展目标。

其中,投资的作用会更凸显,资本不只是简单赋能,而是一个陪伴成长的过程,资源配置和整合在合成生物学领域会更凸显。并且合成生物学是生物学和计算机科学交叉融合的领域,而很多资本之前是投IT方面的,这种交叉领域非常需要多方面的赋能,这些资本能起很重要的作用。

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最近有哪些重要的技术突破?

经纬:从技术角度来看,您觉得最近3年多的维度内,合成生物学有哪些里程碑式的技术突破?例如很多年前像CRISPR Cas9算是里程碑式的突破。

刘陈立:这里面涉及几个词:合成生物科学、合成生物技术、合成生物产业,因为科学(Science)和技术(technology),其实是不同的概念,应该分开。

当我们谈及合成生物学的时候,我们更多会从科学(Science)上来说,这也是最有魅力的地方。合成生物学与生物学的最大区别,就是研究范式的区别,生物学是自上而下,合成生物学则是自下而上。

自下而上最终要回答的问题就是生命本质的问题,合成生物技术会间接服务于这个目标,也就是能不能重新创造生命,这是人类目前没有实现的。我们现在已经知道,生命起源分为三个步骤,第一步是从无机物到小分子有机物——尿素,这一步德国已经做成了;第二步是从有机物到生物,这一步已经在中国科学院做的牛胰岛素上实现了;第三步就是从生物大分子到单细胞生命,这个人类还没有做成。

我认为合成生物学最前沿最重要的一个方向,就是怎么从没有生命的生物大分子,把它们组合在一起产生一个有生命的细胞。人类最基础的科学问题是“一黑、两暗、三起源”,第一个是黑洞,然后是暗物质、暗能量,以及生命起源、宇宙起源、地球起源。

要怎么回答生命起源的问题呢?现在所有合成生物学做的事情,都是在有生命的基础上做改造和编辑,还没有试过无生命的过程,比如把一堆蛋白放到膜里生命就出现了,可以自己去复制、繁殖、分裂,这个是还没有做成的。当合成生物学最终的目标是研究生命起源的时候,在这个过程中就会产生很多技术,比如需要能够不断自己复制的蛋白复制系统,这些技术本身也可以应用在其他生产领域。

到具体的技术层面,如果把标准门槛提得很高,我觉得最近还没有特别颠覆性的技术出现。那如果降低一点门槛,会有一些还不错的新发展,比Ron Milo把异养的大肠杆菌,变成自养的了;另外Steven benner把四个碱基变成八个碱基,是非常不错的进展;再比如有Wendell Lim对CAR-T的改造,Tal Danino改造细菌治疗肿瘤,这些肯定是医学合成生物学的重要方向,我自己实验室也是在做这方面工作。这些技术都在不断迭代进化。

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合成生物学的当下与未来

经纬:我感觉现在市场对合成生物学有些过热,其实依然有很多老问题没有得到解决。您觉得哪些方面的升级加速,会帮助合成生物学再上一个台阶?

刘陈立:目标是形成专业化分工,不是要一个公司把这个链条全部做完。Amyris、Ginkgo这些公司,DNA合成是有专门的Twist在做,而菌株的构建往往交给Ginkgo。专业化程度提高是成熟的表现。中国现在是因为没有更专业的分工,所以公司们才都需要自己去做。

但到下一个阶段,分工协作会成为更优选择,会出现各个环节的头部公司,来给行业提供服务,这样有利于提升总体效率。

我们在做的深圳合成生物大基础设施,未来会提高可及性,与各方更好地合作起来。还有政府的有效引导,比如形成一些专业化的产业区,让做类似的生物企业聚集在一起。资本也可做一些资源配置。合成生物学在未来需要做成一个生态,而不是孤立地看成一个个赛道或公司。

经纬:之前投资圈有一种分类,把一些用传统办法筛选菌株的合成生物学公司,归为第一代公司(例如凯赛华恒),把用计算机算法等自动化方法筛选菌株的,列为第二代公司(例如Zymergen、Ginkgo),他们可以更大规模和探索新菌株,这种观点会认为更大的前景在第二代公司,您怎么看?

刘陈立:这主要是针对生物制造,生物制造在合成生物学里面只是其中一个方向,其实合成生物学产业应该是多元化的,各个方向的企业都应该有,再去形成一个整体生态。

对于生物制造,这种划分有它的内生逻辑,怎么做出来的其实没那么值得关注,关键是做出来的产品是什么、到底创造了什么价值,这个才是最重要的。比如从深圳到广州我可以坐火车去,也可以开车去,这些都无所谓,最主要的是谁能更快、更安全地到达。

经纬:如果从全球领先这个标准来看,您觉得国内当下的各个产业环节,能不能满足需求?哪个环节迭代提升的空间更大?

刘陈立:这其实是合成生物的一大难点,因为领域太广。在生物制造方向,现在已经有一些企业了,最为健全。但在一些更新的赛道,产业配套就会很缺,在这里面就还是看公司,看谁能跑得出来,大家各显神通。还有就是人才,专业的人才储备也是有待解决的,很多公司招不到人,或者招到人并不好用。当然,这肯定也是发展过程中会经历的。

所以从两个方面来讲,从宏观角度一定要有耐心,合成生物学是未来,但什么时候来,要把预期放得远一些。从产业层面,是要建设生态,不仅仅是公司间的生态,要把产学研放到一起做生态,而且要有地域发展的理念,像美国的湾区,要把地理距离缩短,合成生物在刚开始非常需要密度依赖的生长,很多问题也会迎刃而解。

经纬:深圳建设的合成生物重大基础设施,在未来对全行业都能起到非常重要的作用。您是怎么把它一步步做起来的?克服了哪些重要

的困难?

刘陈立:大家形成共识这一点非常重要,只有形成共识之后才能形成合力。大家都看到了合成生物学的前景和目标,包括产业内部和外部,包括社会,这大大加快了推进速度,很多问题都是认知、预期不一致导致的困难。

深圳建合成生物重大基础设施,很重要一点是前面十几年,不管是科学界还是产业界,很多前辈都在呼吁,如果没有他们,是不会有现在的结果。

从深圳的角度来说,深圳能够接受创新事物,有自由宽松的环境。并且深圳一方面在计算机IT领域有很好的人才,同时在生物学研究层面也有比较好的补充,所以深圳本身是一个不错的选择。

另一方面,深圳是GDP高地,本身就有内生动力要去发展和创新。这些要素结合在一起,不仅是合成生物学领域,很多新探索在深圳都会得到很好的发展。

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